明代，太醫院，秩正三品，有院使、院判，下有御醫、吏目。生藥庫、惠民藥局各有大使、副使。永樂十九年(1421)遷都北京后，南京仍置太醫院、生藥庫、 惠民藥局，員額減少。

太醫院的職責有：①為皇宮大臣、外國使者醫療疾病;②醫生的晉升與考選;③太醫子弟的教育;④藥物的采辦。

藥物管理機關：①御藥房， 屬于內府，洪武六年(1373)置，嘉靖十五年(1536)改為圣濟殿，又設御藥庫詔御醫輪值供事。其職責是辨驗藥材、檢定制劑;驗收保管各地貢供的藥品。②惠民藥局，承襲前制，洪武三年置，地方也有設置，治療貧病的士兵和平民，但由于管理不善和經費不足，多名存實亡。

清代，太醫院，有院使、左右院判，掌醫政及醫療，下有御醫、吏目、醫士、醫員(司醫療);醫生、切造生(司加工藥劑)等職。歷朝員額增減不一。

太醫院太醫都以所業�？品职嗍讨�。此外也受委承擔王公大臣、國外使者、 駙馬、軍營、監獄、 試場的醫療及辨驗藥材等工作。太醫院職官的升補和告退也有明確的管理規定。

順治十年(1653)設御藥房、隸太醫院，管理藥物的采辦、貯存和配制。侍值內府設東、西御藥房，西藥房歸院使、院判及御醫、吏目，分班輪值，東藥房則歸御醫、吏目及醫士，分班輪值。

清代無惠民藥局的設置，而有地方性的官辦社會撫恤 機關，如育嬰堂、普濟堂、養濟院等。清末在資本主義民主的壓力下，體制作了革新，民政部內設衛生司，郎中為最高官職、員外郎次之，下有主事、小京 官、醫官等職。